Prvním krokem musí být okamžité, rychlé a otevřené sdílení dat

Genetické společné rysy mohou také definovat širší skupiny nazývané „kladi“. Loni na jaře přišel světu ovládnout klad známý jako D614G. To bylo přičítáno mutaci v spike proteinu, díky které byla tato skupina přenosnější než předchozí kmeny. A to byla jen jedna část rodokmenu, který je nyní spíše lesem. “Dva první klady, které byly definovány, zmizely,” řekl Redondo. Právě teď pět hlavních kladů žokejuje o dominanci, řekl, ale obraz se neustále posouvá.

Vznik nového kladu může být stejně těžké předvídat jako jakýkoli vzestup ke globální nadvládě. Zastarávání a dominance jsou určeny kvalitami linií, charakteristikami hostitelských populací a dědictvím předchozích mikrobiálních vetřelců. Skutečnost, že linie nebo klad je dominantní na jednom místě, v rámci jedné skupiny lidí, neznamená, že bude dominantní i na jiných. Zatím britské a jihoafrické varianty dominují místním vlnám, ale nejsou dostatečně rozsáhlé, aby je bylo možné považovat za klad. Jihoafrická varianta například představuje asi 90 procent genetických sekvencí analyzovaných v zemi, ale jinde zůstává menším hráčem.

Podobně varianta B.1.1.7 byla v září identifikována ve Spojeném království, ale zatím dominuje pouze jedné geografické oblasti. Ačkoli je testování genomu v USA poměrně řídké, „děláme dost sekvenování, takže víme, že to v USA není tak běžné,“ říká Nathan Grubaugh, mikrobiální epidemiolog z Yale School of Public Health. “Zdá se, že tato varianta není v tuto chvíli více než 1 nebo 2 procenta případů.” Je to tady a je to velmi rozšířené, ale má nízkou frekvenci. Myslím, že z větší části to platí globálně.“

Tyto varianty si zatím lze představit jako plevel na zahradě. Ukázali, že mají kapacitu převzít v některých oblastech. Existuje pravděpodobný mechanismus, který by jim to mohl umožnit jinde: jak britská, tak jihoafrická varianta sdílejí mutaci, která se projevuje jako jemná změna v klíčovém místě, kde se virus váže na lidské buňky. Ale plevel přebírá z mnoha důvodů a někdy má se zahradou víc společného než plevel. Lidské populace se liší v tolika ohledech – behaviorálně, geneticky, imunologicky, geograficky, environmentálně – že míru, do jaké je regionální nárůst případů způsoben změnou samotného viru, je extrémně obtížné rozeznat. A to vede k určité nejistotě. „Nakonec to možná máme špatně [a] ve skutečnosti to není více přenosné,“ řekl mi Grubaugh. “Zdá se, že ano, ale možná jsme se nechali zmást.”

I když jsou tyto varianty skutečně tak přenosné, jak naznačují rostoucí počty případů, přenosnost je pouze jedním z určujících faktorů celkového potenciálu viru způsobit škodu. Někdy se viry stanou více přenosnými, ale nakonec méně nebezpečnými. A samozřejmě, každá nová varianta je pouze mezikrokem k nějaké jiné formě viru. Skutečnou výzvou je pochopit, jak jakákoli daná změna zapadá do všech těchto větších vzorců a co to pro nás znamená.

Děj románu Michaela Crichtona The Andromeda Strain z roku 1969 závisí na mimozemském mikroorganismu, který „mutuje“ svou cestu ven z omezení. Podobný narativní prostředek pohání i film Outbreak, ve kterém se virus krvácející z očí náhle dostane do vzduchu. To, co se rovná lenivému scenáristickému klišé, naplnilo slovo mutace tak děsivým podtextem, že je téměř nepoužitelné. Proces virové evoluce je mnohem jemnější a vyžaduje pozorné oko k odhalení. Ta jemnost je to, co to dělá nebezpečným.

Existují dva základní způsoby, jak se koronavirus může stát více přenosným. Jedním z nich je účinnější vazba na lidské buňky. Když k tomu dojde, u osoby, která vdechuje virové částice, je o něco pravděpodobnější, že se u něj vyvine infekce. Druhým je efektivnější replikace, vytvoření vyššího počtu virových částic (vyšší „virová zátěž“) u infikované osoby, takže s každým nádechem vydechnou více částic (což je statisticky pravděpodobnější, že jedna z částic infikuje někoho jiného). ). Pokud dech obsahuje o 10 procent více virových částic, je mnohem pravděpodobnější, že jeden přistane v nose někoho jiného.

Není jasné, zda jeden nebo oba tyto mechanismy jsou ve hře v britských a jihoafrických liniích, ale víme, že jejich účinky mohou být složité. Pokud má člověk například mnohem vyšší virovou zátěž, může onemocnět rychleji. To zní špatně – a pro toho člověka to rozhodně platí. Ale kratší asymptomatické období by nakonec mohlo usnadnit zadržování viru. To byl případ prvního koronaviru SARS v roce 2003 (SARS-CoV-1), který způsobil závažnější onemocnění než SARS-CoV-2, ale celkově zabil mnohem méně lidí, protože každý případ byl identifikovatelný.

Ze stejného důvodu by se tento koronavirus mohl vyvinout tak, aby způsobil poněkud méně závažné onemocnění – něco, co se o něco blíží tomu, které způsobují další čtyři endemické koronaviry. Nachlazení je extrémně přenosné, ale zřídka smrtelné. Z evolučního hlediska to dává smysl: Viry, které zabíjejí své hostitele, mají menší pravděpodobnost, že se stanou dominantními než ty, které to nedělají. “Mohlo by to být tak, že přenosnost koreluje s tím, že jste ‚laskavější‘ k vašemu hostiteli,” řekl Turner. “Pozorovali jsme to v jiných oblastech evoluce virů.” Přirozený výběr by hypoteticky upřednostnil verze, díky nimž se lidé cítí dostatečně dobře na to, aby byli venku a šířili virus na další hostitele.

Přečtěte si: Proč jsou někteří lidé nemocnější než jiní

Velké změny v závažnosti onemocnění – v obou směrech – jsou nepravděpodobné, ale rozsah, ve kterém tento virus působí, znamená, že malé rozdíly ve věcech, jako je přenosnost, jsou zesíleny a mohou se projevit jako významné změny v tom, kolik lidí onemocní. Odborníci se široce shodují, že hrát na jistotu v příštích týdnech je rozumné. Oliver Pybus, profesor evoluce a infekčních clean vision buvol nemocí na Oxfordské univerzitě, zdůrazňuje, že pochopit, proč B.1.1.7 převzal Spojené království, „je extrémně vědecky obtížné“. Byl v popředí identifikace a sledování varianty, ale říká, že obrovské otázky zůstávají nezodpovězeny. „Stále existuje značná nejistota ohledně dlouhodobých důsledků“ B.1.1.7, řekl mi Pybus. “Ani nevíme, zda tato linie skutečně pochází ze Spojeného království, přičemž tolik zemí tento dohled neprovádí.”

Ačkoli je nyní velká část světa kvůli této konkrétní variantě v pohotovosti, Pybus řekl, že jen velmi málo míst sekvenuje genomy tak komplexně jako Spojené království. Na některých místech instituce odebírají vzorky, ale nesdílejí výsledky ve veřejné doméně. Oba prvky jsou zásadní. Samotné testování pomocí PCR nebo antigenních testů již nestačí. Po pozitivních testech musí následovat analýza genomů viru. Čím více genomů máme, tím efektivněji dokážeme identifikovat anomální vzorce, a to jak pro včasné vyvolání poplachů, tak pro zamezení vyvolání falešných.

USA jsou v tomto ohledu obzvláště daleko za Spojeným královstvím. Bez základní úrovně genomického dohledu, řekl mi Grubaugh z Yale, nevíme, zda by město jako New York bylo tak zničeno B.1.1.7 jako Londýn. Předpověď pro danou variantu závisí na kontextu, který nám chybí. “Nemyslím si, že žádný stát zatím dostatečně sekvenuje,” řekl Grubaugh. „Sekvenování je nejdůležitější věc. Nemáme velký organizovaný projekt jako ve Spojeném království. Máme spoustu jednotlivých laboratoří, většinou v akademických lékařských centrech.“ Sporadické sekvenování je pravděpodobně stejně špatné jako žádné, v tom, že nemusí reprezentovat, jak a proč se varianty šíří. A příliš úzké zaměření na lov jedné konkrétní varianty může znamenat nevšímání si jiných, možná následných varovných signálů.

Honba za jakoukoli variantou také zavádí zkreslení selekce, takže je těžké zjistit, zda se daná varianta skutečně šíří snadněji než ostatní, nebo zda ji jen hůř hledáme. Po nalezení osoby nesoucí B.1.1.7 v New Yorku minulý týden například státní zdravotničtí úředníci sekvenovali genomy blízkých případů – přístup, který pravděpodobně najde nepřiměřený počet případů B.1.1.7. Bez neustálého, rozšířeného testování dozoru, řekl Pybus, je obtížné rozeznat přesný celkový obraz.

„Obor genomické epidemiologie prochází na veřejnosti svým dospíváním a rozvíjí se v plném pohledu na nejmimořádnější událost století,“ řekl mi Pybus. Schopnost identifikovat nové virové linie dříve, než vůbec pochopíme, jak ovlivní lidi, může epidemiologům umožnit varovat před následnými variantami – ale může podkopat jejich důvěryhodnost, pokud se kmeny neukážou tak nebezpečné, jak předpovídají titulky.

I když nemůžeme obsáhnout tuto konkrétní variantu, učíme se z jejího rozšíření. Prevence virulentnějších kmenů v tom, aby se staly dominantními – když nevyhnutelně vzniknou – může být možné, pokud dokážeme šířeji sledovat genomové vzorce, takže máme kontext potřebný k určení, zda je kmen skutečně jedinečně nebezpečný. Pokud dokážeme podniknout kroky k potlačení nové hrozby dostatečně včas, nemusí se nikdy rozšířit. Pokud tyto příležitosti promeškáme, riskujeme opakování chyby, která umožnila původnímu kmeni SARS-CoV-2 uniknout z Číny.

Minulý týden se Eddie Holmes zamyslel nad osudným okamžikem, kdy tweetoval původní genetický kód viru. Pro kolaborativní vědu to byl okamžik triumfu, ale práce teprve začínala. Triumf se musí opakovat denně. „Nejvíc mě znepokojuje, když se politika postaví do cesty sdílení dat a vědě,“ řekl Medscape. „Prvním krokem musí být okamžité, rychlé a otevřené sdílení dat. Rychlost je v pandemii klíčová. Jakákoli překážka ve spolupráci činí tento svět mnohem méně bezpečným. To by mělo být ponaučení z této epidemie.”

Měnící se genetický kód koronaviru nezruší naše základní strategie pro ukončení pandemie. S lepšími daty můžeme udržovat naše vakcíny a léčbu protilátkami aktuální a naše opatření pro odstavení jsou co nejmenší a můžeme přerušit jakékoli nové zlověstné řetězce přenosu. Šíření nových variant je jasnou připomínkou toho, že na tom máme všichni bezprostřední podíl. Pokud virus nosíte, zmutuje ve vás. Mohli byste být tím člověkem, ve kterém se objeví nová, ještě hrozivější varianta. Mohli byste s tím osít celý svět. Ale bez ohledu na to, jak virus zmutuje, stejná základní preventivní opatření – ta neokoukaná, o kterých jsme se učili téměř rok – budou mít stále sílu zajistit, abyste tak neučinili.

Žádné říjnové překvapení se nakonec nekonalo. Donald Trump strávil měsíce prohlašováním, že se blíží vakcína proti COVID-19, což je gambit, kterému se nepodařilo dotlačit FDA ke schválení ještě před dnem voleb, ale přesto uspěl v narušení důvěry americké veřejnosti ve vakcínu. Teprve včera společnost Pfizer zveřejnila velmi brzké, ale velmi slibné výsledky, které naznačují, že její kandidát na vakcínu proti COVID-19 by mohl být účinný z více než 90 procent. Společnost plánuje požádat FDA o nouzové povolení koncem tohoto měsíce, až budou požadovaná bezpečnostní data kompletní.

Pokud bude tato vakcína schválena, první zavedení této vakcíny pravděpodobně začne ve svízelném období před inaugurací za vlády chromého prezidenta, který tvrdí, že volby, které prohrál, byly ukradeny. Bude existovat cesta k ukončení pandemie, ale bude plná. Joe Biden bude muset obnovit důvěru ve vakcínu, kterou jeho předchůdce horlivě zpolitizoval, a Američané budou muset být ochotni vzít si vakcínu bez ohledu na to, koho volili – pokud vůbec hlasovali. Pokud ne, koronavirus bude prostě zuřit dál.

Dobrou zprávou, pokud předběžné údaje platí, je, že vakcína Pfizer se zdá být vysoce účinná, což samo o sobě může ovlivnit váhavé Američany, říká Matt Motta, politolog z Oklahoma State University. Devadesátiprocentní účinnost je mnohem lepší než 50procentní laťka stanovená FDA pro povolení a mnohem lepší, upřímně řečeno, než vědci očekávali, vzhledem k typu viru. Čím více se vakcína proti COVID-19 blíží prevenci všech infekcí, tím silnější je její argument.

Přečtěte si: Novinky o vakcínách, na kterých opravdu záleží

Bidenova administrativa je také návratem k samotným základům vědecké komunikace: nebojovat otevřeně s agenturami, nechat mluvit spíše vědce než politiky a stanovit realistické časové plány pro zavádění vakcín. Reakce zvoleného prezidenta a prezidenta na zprávy společnosti Pfizer byly studie v kontrastech. Ve svém prohlášení Biden pochválil zúčastněné odborníky předtím, než se zaměřil na důležitost roušek a sociálního distancování během mnoha měsíců, než bude možné plošné očkování. Trump na Twitteru napsal: „AKCIOVÝ TRH BUDE VELKÝ, VAKCÍNA PŘICHÁZÍ BRZY. ZPRÁVA 90% ÚČINNÁ. TAK SKVĚLÉ ZPRÁVY!“

Bidenovy smířlivé politické instinkty pravděpodobně také pomohou. „Pokud řekne: ‚Plně podporuji vakcínu uvedenou do pohybu za Trumpovy administrativy. Naše rozhodnutí jsou přijímána na základě vědy… to už by bylo něco,“ říká Heidi Larson, antropoložka a ředitelka projektu Vaccine Confidence Project. Zatímco Trump před volbami opakovaně sliboval urychlené schválení vakcíny, demokraté zvláště rostli znepokojení nad bezpečností politiky. Procento demokratů ochotných podstoupit vakcínu kleslo z 83 procent v červenci na 53 procent v září, podle průzkumu Gallupova ústavu. Nová administrace je příležitostí k resetování. Podle nejlepšího scénáře Trumpova administrativa, která chce uznání za vývoj vakcíny, a Bidenova administrativa, která chce uznání za její podání, nakonec udělají totéž: přesvědčí Američany, aby se nechali očkovat.

V nejhorším případě vakcínu znovu pohltí politika. Trump se rozhodně nevzdává pozornosti a republikáni následují jeho příklad ohledně vakcín. „Během příštích dvou měsíců budete mít velmi hlasitou mluvnici,“ říká David Bluestone, spoluzakladatel ClearPath Strategies, progresivní výzkumné a strategické firmy zabývající se výzkumem veřejného mínění, která provedla průzkum ohledně váhání s vakcínou COVID-19. . Včera republikáni přispěchali s uznáním Trumpovi poté, co se společnost Pfizer původně distancovala od operace Warp Speed, vládního partnerství veřejného a soukromého sektoru v oblasti vakcín. (Technicky mají pravdu oba: Operace Warp Speed ​​nefinancovala vakcínu Pfizeru, ale podepsala smlouvu na nákup 100 milionů dávek v hodnotě 1,95 miliardy dolarů.) Ale Trump nyní také útočí na Pfizer za to, že po volbách sdílela svá data o vakcínách, když takové zprávy už mu nemůže prospět. Co když Trump zapne vakcínu, řekněme, když někdo onemocní po injekci? Představte si, řekl mi Bluestone, že Trump říká: „Počkej, počkej, počkej, to nebylo součástí operace Warp Speed. Důvěřujte pouze operaci Warp Speed.‘“ Přechod moci už zdaleka není hladký a Trump a jeho spojenci nejsou ochotni vzdát se vakcíny jako politického problému.

Přečtěte si: Hrozí chaos s vakcínami

Jak se vakcína dostává k lidem, nežádoucí příhody budou pravděpodobně obzvláště záludným komunikačním problémem.